Aunque está aislada del resto de la isla, Masoala cuenta, sin embargo, con más de la mitad de las especies actuales que se pueden encontrar en todo el país, lo que la convierte en un verdadero santuario natural. Para proteger estas especies de las presiones a que están sometidos los bosques, en particular la agricultura de tala y quema y la explotación ilegal de maderas preciosas, las autoridades malgaches han creado en la península la mayor red de áreas protegidas de Madagascar: el parque nacional de Masoala.
Con una superficie de 240.000 hectáreas, el parque Masoala y la reserva especial de la isla de Nosy Mangabe constituyen un conjunto de formaciones espectaculares. Manglares, bosques húmedos, arrecifes de coral son el refugio de un gran número de aves (102 especies) y de lemúridos (10 especies) pero también de especies vegetales sorprendentes como las plantas carnívoras nepentes.