La parte sur del parque está formada por una gran meseta de 800 metros de altitud. A una altura un poco más elevada, entre los 1.000 y los 1.200 metros, se sitúa la parte oriental, dominada por praderas inmensas y cañones profundos. La parte más extrema presenta un escarpe rocoso muy característico de la región. También hay un pueblo forestal a lo largo del río Menamaty. La parte occidental está compuesta por cañones poco profundos y por los vestigios de un bosque. Por último, el centro del parque es una sucesión de inmensas llanuras y mesetas.
Además de cañones y rocas lunares, Isalo también cuenta con cuevas, cascadas, piscinas naturales y una rica flora compuesta por más de 400 especies, como una palmera endémica que ha encontrado su propio sistema de adaptación para combatir la falta de agua. La fauna es también muy variada.