El sintoísmo es la religión dominante en Japón (84% de los creyentes). Está ligado a las formas de culto más antiguas (chamanismo, animismo) del archipiélago, así como a la veneración de la naturaleza, que, con el tiempo, se han ido amalgamando y codificando para dar lugar al sintoísmo.
El budismo llegó más tarde, a partir del siglo V, importado de China y Corea. Fue la necesidad de transmitir sus enseñanzas lo que empujó a los japoneses a desarrollar una lengua escrita.
Hoy en día, el 71% de los japoneses se declaran budistas, una cifra que puede parecer sorprendente ligada al imponente número de sintoístas del país. Sin embargo, los japoneses tienen una visión bastante libre de la religión y a menudo practican varias en una vida, a veces al mismo tiempo. Muchos se identifican con los valores de las dos religiones dominantes bajo la forma de un sincretismo antiguo: el sinto-budismo.
El cristianismo (2% de la población) ha conocido un desarrollo floreciente a partir de la segunda mitad del siglo XVI, pero su prohibición (de 1614 a 1854) provocó su declive. Sin embargo, sigue siendo la tercera religión más representada en el archipiélago.
Entre el 8% de las personas con otras creencias, hay 100.000 musulmanes (de los que el 10% son japoneses) y una comunidad judía que llegó en dos oleadas. La primera, llegada de Siria, Yemen e Iran (hacia 1850) llegó para comerciar tras el fin del bloqueo económico. La segunda, originaria de Rusia (1917 a 1920) estaba deseosa se huir de la guerra civil.
Efectivamente, un gran número de sectas se han establecido en el siglo XXI, pero en Japón este término no tiene la connotación peyorativa que se le da en las culturas occidentales.