
País con gobierno laico, Estonia se coloca a la cabeza de los territorios menos religiosos del mundo con un 50% de su población que se considera atea y no practica ningún culto. El aspecto religioso está siempre presente pero de forma minoritaria.
Desde el siglo XVI, Estonia se confirma como un país mayoritariamente protestante, lo que encuentra su explicación por la ocupación alemana. El país está lleno de iglesias, en las ciudades y el campo, destinadas en parte a la educación del pueblo. La iglesia evangélica luterana se impone de lejos como la más importante e influyente del país.
Por otra parte, durante una estancia en Estonia, toma un tiempo para admirar la arquitectura y el estilo particular de estas iglesias.
La segunda tradición religiosa mayoritaria es, evidentemente, la ortodoxia, impuesta por el invasor ruso. En estos tiempos, las construcciones se multiplican, la célebre catedral Nevsky (cuya visita es absolutamente imprescindible durante una estancia en Estonia), por ejemplo, tiende a glorificar la fuerte pujanza de la iglesia ortodoxa. El aspecto religioso en Estonia se vuelve aquí un poco más complicado y conflictivo. En efecto, dos ramas se oponen: la iglesia ortodoxa del patriarcado de Moscú y la iglesia ortodoxa apostólica estoniana. Las relaciones entre ambas son bastante difíciles y tensas por razones históricas evidentes.
En Estonia se encuentran minorías religiosas como los judíos, los musulmanes, los testigos de Jehová, los budistas, metodistas, baptistas... pero en número muy restringido. Las minorías reunidas forman un conjunto de apenas el 10% de los creyentes.
En el este de Estonia, el aspecto religioso toma un giro muy específico con la comunidad de los "viejos creyentes". De origen ruso e instalados desde el siglo XVII alrededor del lago Peipous, los "viejos creyentes" cuentan con 15.000 miembros y se distinguen de la iglesia ortodoxa por un mayor rigor y reglas más estrictas.
Los estonios han sabido conservar en el seno de sus tradiciones y su folklore elementos ligados a sus orígenes paganos incluso si, con el tiempo, estas especificidades se encuentran mezcladas con ritos religiosos protestantes u ortodoxos.